أولاً: قسم الاتفاقات الدولية ويختص بالآتي:

1. دراسة مشروعات الاتفاقات ومذكرات التفاهم وبرامج التعاون مع المحاكم العليا الأجنبية والأجهزة القضائية الدولية وغيرها من الهيئات الدولية وإبداء الرأي بشأنها.
2. إعداد وصياغة الاتفاقات ومذكرات التفاهم وبرامج التعاون التي تكون المحكمة طرفاً فيها مع أي من الجهات السابقة.
3. تفعيل اتفاقات التعاون والتوأمة القائمة.
4. تعزيز سبل ومجالات التعاون وتبادل الخبرات مع المحاكم العليا الأجنبية والأجهزة القضائية  الدولية وغيرها من الهيئات الدولية ذات الصلة.
5. متابعة الأنظمة والقرارات القضائية الدولية التي تتصل بعمل المحكمة.
6. إبراز وتعزيزدور المحكمة على الساحة الدولية.
7. إعداد مخاطبات رئيس المحكمة مع الجهات الدولية المختلفة.
8. إبداء الرأي القانوني في أية مسألة ذات طابع دولي تعرض عليها من رئيس المحكمة.

ثانياً: قسم المؤتمرات والتدريب ويختص بالآتي:

1. الإشراف على إعداد وتنظيم ورش العمل والندوات والمؤتمرات التي تشارك فيها المحكمة بمصر وبالخارج، والإشراف على إعداد الدراسات والأبحاث الخاصة بها، بالتنسيق مع وزارة العدل والجهات المعنية الأخرى بالدولة.
2. متابعة تنفيذ التقارير والتوصيات الصادرة عن المؤتمرات والندوات التي تشارك فيها المحكمة.
3. إتاحة وتنظيم الدورات التدريبية والجولات الدراسية لرجال القضاء بالمحكمة بالخارج.
4. ضمان التمثيل الفاعل لأعضاء ووفود المحكمة المشاركة في المحافل الدولية.
5. التنسيق مع إدارة العلاقات العامة فيما هو موكل لها من اختصاصات متعلقة بزيارة الوفود والشخصيات الأجنبية وزيارات رئيس المحكمة وأعضاء مجلس القضاء الأعلى والوفود المصاحبة للدول الأجنبية.

ثالثاً: قسم البحوث والترجمة ويختص بالآتي:

1. ترجمة الوثائق والأحكام والبحوث ذات الصلة بطبيعة عمل المحكمة.
2. ترجمة الهام من أحكام المحكمة وتبادلها مع المحاكم العليا الأجنبية، والعمل على نشرها بموقع المحكمة الالكتروني.
3. تبادل المطبوعات والأحكام والبحوث القضائية والقانونية المتصلة بعمل المحكمة مع المحاكم العليا الأجنبية والأجهزة القضائية الدولية والمراكز البحثية وغيرها من المنظمات والمعاهد العربية والدولية.
4. تزويد مجلة المحكمة بالبحوث والدراسات والتقارير الصالحة للنشر.
5. العمل على نشر نتائج الزيارات والمؤتمرات والبحوث بمجلة المحكمة.
6. تزويد مكتبة المحكمة بالهام من الكتب والبحوث والدوريات القانونية الأجنبية.
7. الاضطلاع بصفة عامة بالبحوث وأعمال الترجمة التحريرية والفورية ذات الصلة بطبيعة العمل.